1659 рік, два роки після смерті гетьмана Богдана Хмельницького. Його син, вісімнадцятирічний Юрій усунув від влади гетьмана Виговського, країна увійшла у стан Руїни. Збіднілий лицар Валько Босаківський зустрічає у шинку доньку Богдана Хмельницького, Олену, у супроводі сотника Журби, вірного Івану Виговському. Жінка змушена переховуватись, щоби врятувати гетьманські клейноди батька  — символи козацької влади та незалежності.

Стрічка заснована на повісті «Кутіж» Богдана Лепкого, що вийшла у 1941 році. Автор був свідком подій національно-визвольних змагань 1917-1921 рр., які закінчилися втратою української державності. У своїй повісті він намагався знайти причину в минулому, звертаючись до пригодницьких та романтичних жанрів.

У останньому фільмі Осики простежується схильність режисера до зображення гострих ситуацій та героїв, що переживають стан психологічного напруження. Схожий підхід до оповіді режисер застосовував у своїй стрічці «Камінний хрест», яка стала одним із ключових фільмів українського поетичного кіно.

У «Гетьманських клейнодах» режисер використовує історичну тематику, як спосіб сказати про негативні риси національної свідомості, розбрат та незгоди, які стають причиною поразки під час боротьби за державність. «Гетьманські клейноди» є спробою аналітично підійти до історії України у період доби Руїни й водночас — реакційною історією до періоду великої кризи 1990-х.

Більшість подій фільму відбувається на натурі, основними локаціями для зйомок стали історичні місця: Острозький замок, монастир у Межиріччі та спеціально побудований хутір у Пирогові, поблизу Києва. Щодо зображення тогочасного побуту, автентичності будівель та національного одягу авторів стрічки консультував Георгій Якутович — ілюстратор, графік, художник всіх фільмів Осики та «Тіней забутих предків» Сергія Параджанова.

Нова фільмокопія оцифрована кінознавцем Олегом Оліфером з позитивної плівки, що зберігалась у приватній колекції, і передана до колекції Фільмофонду Довженко-Центру.